بررسی و نقد اندیشه و عمل سیاسی بازرگان به عنوان چالشی ترین دوره حیات سیاسی و اجتماعی نخست وزیر دولت موقت، اهمیت بسزایی دارد. اندیشه های سیاسی بازرگان نیز همچون اندیشه های دینی او فرازونشیب های فراوان داشته است، با این تفاوت که به نظر می رسد در اندیشه های سیاسی او تحول شگرف تری رخ داده است. نوع نگاه بازرگان به مسئله پیوند دین و سیاست که نقد و نظرهای فراوانی درپی داشته است، مهم ترین نظریه سیاسی او به شمار می آید. او که تا پیش از انقلاب و در ایام مبارزات سیاسی، از مدافعان جدی نظریه پیوند دین و سیاست بود، به مرور زمان هرچه از حاکمیت در دوران بعد از انقلاب فاصله گرفت، از نظریه فوق نیز دور شد و به جایی رسید که قلمرو دین و وظایف آن را تنها محدود به حوزه آخرت کرد.